Dekret o zřízení císařského hřebčína v Kladrubech nad Labem byl vydán dne 24. 4. 1579 císařem Rudolfem II., přičemž původním posláním hřebčína byla produkce koní pro potřebu císařského dvorního ceremoniálu a pro vojenské účely. Rudolf II. nechal přivézt starošpanělské koně a dal vzniknout plemenu Equus Bohemicus – Kůň český – starokladrubský. Pod označením ,,Bohemicus“ se o nové samostatné rase píše už v hipologických knihách ze 17. století.

Koncem 18. a začátkem 19. století bylo plemeno dále zušlechtěno staroitalskými koňmi.

Požár z roku 1757 bohužel zničil prvních 200 let chovatelských záznamů o plemeni, nicméně od té doby je již dokumentace dochována.

Starokladrubský bělouš se stal symbolem aristokracie, zatímco vraníci byli využíváni vysokými církevními hodnostáři.

Kritický okamžik v chovu starokladrubských koní nastává po konci Habsburské monarchie a vzniku samostatného Československa v roce 1918. Mnozí vnímali Klardubáky jako symbol monarchie a tudíž jako přežitek. Chov byl vážně ohrožen. Navíc kvůli omezené finanční podpoře od státu bylo rozhodnuto pokračovat pouze v chovu běloušů.

O záchranu vraníků se zasloužil zejména Dr. František Bílek, který vypracoval projekt na jeho regeneraci. Soustředěním tří bratrů linie Sacramoso, 8 klisen strokladrubských vraníků a dalších klisen s podílem krve tohoto plemene. K obnově byly použity starokladrubské bělky, ale také i bělky lipické a i například lipický vraník Siglavi Pakra, který založil novou linii. Využito bylo i fríské a orlovské krve. Chov starokladrubského vraníka byl přemístěn do hřebčína Slatiňany.

V chovu starokladrubského vraníka působil ve Slatiňanech v letech 1974-1985 fríský hřebec Romke. Jeho úkolem bylo rozšířit krevní základnu, zvětšit tělesný rámec a využít výrazné dědivosti vraného zbarvení bez odznaků. Nová linie byla založena lipickým vraníkem Siglavi Pakra.

40 let práce na obnově plemene bylo zakončeno roku 1975. Od té doby probíhá fáze udržovaného šlechtění.

Starokladrubský vraník se v současnosti chová v liniích Solo, Sacramoso, Siglavi Pakra a Romke. Staroitalská linie Napolenone zanikla v roce 1922 v rámci likvidace chovu starokladrubských vraníků.

Starokladrubský kůň je původním českým plemenem koní, které svým významem překračuje hranice České republiky. Zároveň patří, vzhledem k malému počtu jedinců, mezi ohrožená plemena. Starokladrubský kůň je zařazen do Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů zvířat významných pro výživu a zemědělství a jeho chov je podporován Ministerstvem zemědělství ČR.

Velikost populace starokladrubských koní v České republice se v posledních letech výrazně nemění. Ve stavu je k 31.12.2018 je evidováno 55 plemenných hřebců (24 běloušů, 31 vraníků) – 539 chovných klisen (264 bělek, 275 vranek). Do genetických zdrojů starokladrubských koní je, z celkového stavu 55 plemenných hřebců, zařazeno 53 hřebců – 22 běloušů a 31 vraníků, z celkového stavu 539 chovných klisen, zařazeno 349 klisen – 159 bělek a 190 vranek.

V roce 1995 byl Národní hřebčín Kladruby nad Labem i plemeno starokladrubského koně prohlášeno za státní kulturní památku.

Od roku 1996 je populace starokladrubských koní uzavřena přílivu krve jiných plemen koní.