Das Dekret zur Gründung des Kaiserhengstes in Kladruby nad Labem wurde am 24. April 1579 durch den Kaiser Rudolf II. erlassen. Die ursprüngliche Mission des Gestüts war die Produktion von Pferden für die Verwendung bei der kaiserlichen Hofzeremonie und für militärische Zwecke. Rudolf II. ließ altspanische Pferde heranbringen und brachte die Rasse „Equus Bohemicus“ – das tschechische Pferd – den Altkladruber – zum Vorschein. Unter der Bezeichnung “Bohemicus” wurde die neue, eigenständige Rasse bereits in den hippologischen Büchern des 17. Jahrhunderts beschrieben. Am Ende des 18. Jahrhunderts und Anfang des 19. Jahrhunderts wurde die Rasse mit den alten, italienischen Pferden weiter veredelt. Leider zerstörte ein Feuer im Jahr 1757 die ersten 200 Jahre der dokumentierten Zuchteintragungen, doch seitdem ist die Dokumentation dieser Rasse erhalten geblieben.

Die weissen Altkladruber wurden zum Symbol der Aristokratie, während die Rappen von den hohen, kirchlichen Würdenträgern benutzt wurden.

Ein kritischer Moment bei der Zucht entstand nach dem Ende der Habsburgermonarchie und der Gründung der Tschechoslowakei im Jahr 1918. Die Kladruber wurden als ein Symbol der Monarchie und damit als überflüssig angesehen. Die Zucht war ernsthaft gefährdet. Darüber hinaus wurde aufgrund der eingeschränkten, finanziellen Unterstützung durch den Staat beschlossen, nur mit der Zucht der Schimmel fortzufahren.

Für die Rettung der Rappen war Dr. František Bílek verantwortlich, der ein Projekt zur Regenerierung entwickelte. Das geschah durch die Übernahme von drei Brüdern der Sacramoso Linie, acht Altkladruber-Rappstuten und anderen Stuten mit einem Blutanteil dieser Rasse in das Programm. Für die Regenerierung wurden sowohl die Kladruber Schimmelstuten, als auch einige weisse Lipizzaner-Stuten verwendet, dabei auch der Lipizzaner-Rapphengst Siglavi Pakra, der dann eine neue Linie begründete. Auch das Blut von Friesenpferden und Orloff Trabern wurde verwendet. Die Zucht der Rappen wurde dann ins Slatiňany Gestüt verlegt.

In den Jahren 1974-1985 wirkte der Friesenhengst Romke in der Zucht der Rappen. Seine Aufgabe war es, die Blutbasis zu erweitern, den Körperrahmen zu erhöhen und die dominante Vererbung der schwarzen Farbe ohne Abzeichen auszunutzen. Eine neue Linie wurde durch den Lipizzaner- Rapphengst Siglavi Pakra begründet.

40 Jahre Arbeit an der Regenerierung der Rasse wurden im Jahr 1975 abgeschlossen. Seitdem ist die instandhaltende  Veredelungphase in Gang.

Der Altkladruber-Rappe wird derzeit in den Linien Solo, Sacramoso, Siglavi Pakra und Romke gezüchtet. Die altitalienische Linie Napolenone wurde 1922 im Zuge der Zerstörung der Zucht des Altkladruber-Rappen beendet.

Das Kadruber-Pferd ist eine original tschechische Pferderasse, die aufgrund ihre Bedeutung über die Grenzen der Tschechischen Republik hinaus bekannt ist. Gleichzeitig gehört sie aufgrund der geringen Anzahl von Tieren zu der am meisten gefährdeten Rasse. Der Altkladruber ist Teil des nationalen Programms zur Erhaltung und Nutzung genetischer Ressourcen von Tieren, die für Ernährung und Landwirtschaft von Bedeutung sind. Diese Zucht wird vom Landwirtschaftsministerium der Tschechischen Republik unterstützt.

Die Größe der Population von der Altkladruber in der Tschechischen Republik hat sich in den letzten Jahren nicht wesentlich verändert. Zum 31. 12. 2018 sind 55 Zuchthengste (24 Schimmel und 31 Rappen) und 539 Zuchtstuten (264 Schimmel und 275 Rappen) registriert.

Zum Erhalt der genetischen Ressourcen der Altkladruber sind von insgesamt 55 Zuchthengsten 53 Zuchthengste (22 Schimmel und 31 Rappen) in der Zucht registriert, von insgesamt 539 Zuchtstuten sind 349 Stuten (159 Schimmel und 190 Rappen) registriert.

Im Jahr 1995 wurde das Nationalgestüt Kladruby nad Labem und die Rasse des Kladruber-Pferdes zum staatlichen Kulturgut erklärt.

Seit dem Jahr 1996 das Zuchtbuch geschlossen.